偏頭痛可以困擾任何人，但女性受偏頭痛所苦的比例遠高於男性。據偏頭痛研究基金會（Migraine Research Foundation，MRF）數據，女性偏頭痛盛行率比男性高，比例約為 3：1。青春期之前，男孩比女孩更容易出現偏頭痛症狀，但之後會逆轉，而女性在更年期之前會更容易有偏頭痛。不少專家因此認為，女性荷爾蒙是影響偏頭痛的因素。
雌激素波動，頭也更痛
偏頭痛的特徵，是頭部一側反復出現中至重度的脈動式疼痛，通常持續 2 小時至 3 天。紐約市愛因斯坦醫學院神經學家 Jelena Pavlovic 指，女性患偏頭痛機率是男性的兩至三倍，且通常對 30 多歲女性的影響最嚴重。「這時是人生一段特別艱難的時期。被令人衰弱的疼痛擊敗的日子，後果可以十分巨大。」
雌激素主要由卵巢產生，一些偏頭痛便由荷爾蒙引發，特別是當雌激素水平突然變化時。科學研究便顯示，高達 70% 女性偏頭痛患者留意到症狀與月經有關，而青春期及更年期之間是最相關的時期。不少女性在月經前及期間、雌激素水平下降後會有偏頭痛。Pavlovic 的研究則發現，患有偏頭痛的女性雌激素水平下降幅度相對更大。從規律經期到絕經過渡之間的圍絕經期，問題往往因雌激素波動而惡化；而一旦進入更年期，荷爾蒙水平穩定下來，許多女性都會發現偏頭痛變得不再頻繁。
研究頭痛及女性健康的英國巴茨和倫敦醫學和牙科學院專家 Anne MacGregor 指，目前仍未能確認雌激素水平波動為何會引發偏頭痛，但相信其在大腦內發揮重要作用，因此任何變化也必然引發連串最終導致偏頭痛的事件。美國西北醫學萊克福雷斯特醫院（Northwestern Medicine Lake Forest Hospital）神經病學認證執業護士 Colleen M. LaHendro 表示，女性在懷孕期間雌激素水平往往上下波動，偏頭痛頻率也可能會有變。
其他類型的頭痛，也有性別差異
LaHendro 又指，除了偏頭痛外，女性出現壓力型頭痛（tension headache）的機率約為男性的 1.5 倍，壓力型頭痛痛楚屬輕至中度，影響頭部兩側，雖然也令人不舒服，但多數不會使人衰弱，發作時感覺像有一條緊繃的帶箍壓頭部。同樣，目前亦未清楚為何壓力型頭痛在女性中更常見，但相信與壓力有關。此外不同的研究指，女性月經前後的壓力型頭痛更加頻繁，懷疑同樣與荷爾蒙有關；但其他研究並沒有發現相關證據。
儘管如此，男性也有比女性更常發生的頭痛類型 —— 叢發性頭痛（cluster headache），差異原因也屬未知。有研究指，叢發性頭痛在重度吸煙或酗酒人士中更常見，而男性往往比女性更頻密飲酒和吸煙。不論是哪一種，MacGregor 提醒如果經常頭痛，可以記下情況和規律以便求診。美國國家頭痛基金會（NHF）建議記錄每次頭痛的開始和結束時間、痛楚強烈程度、先前的症狀、潛在觸發因素，以及緩解頭痛所服用的藥物，讓醫生可以根據記錄制訂治療方案。除了壓力、睡眠和荷爾蒙外，其他潛在的誘發因素還包括脫水、天氣變化、藥物和酒精影響等。
