對地球上的所有生物而言，包括人類，微生物都是不可或缺的生存條件。如果細菌、真菌及其他微生物都消失，一眾生物也很快會死去。近年有科學家警告微生物正急劇下降，有些更已絕種，有必要加緊拯救。
世界上至少有 600 萬種陸生真菌及多達 1 萬億種細菌及古菌，統稱為原核生物（prokaryotes）。此外，還有大約 20 萬種複雜的單細胞微生物「原生生物」（protist），例如黏菌（slime mold），構成地球生物多樣性的一大部分。
微生物正逐漸消失……
微生物是有機物的主要分解者，與 90% 植物物種形成重要的互惠關係或共生關係，可以維持生命的主要循環，讓碳、氫、氮、氧、磷及硫保持運轉。瑞士蘇黎世聯邦理工學院（ETH Zurich）生態學家 Colin Averill 說：「地球微生物組為我們的星球提供重要的生命支持系統。」但他認為現存微生物組的情況不太樂觀：「我們開始看到可怕的信號，可能正在發生大規模微生物滅絕，而我們幾乎沒有注意到。」
2009 年，巴西的植物學家曾提交報告，指在熱帶灌木 Coussapoa floccosa 的葉子上發現 6 種以前不為人知的真菌，但這種植物最近被認為已絕種。當最後一個標本死亡，那些真菌也會消失。
荷蘭瓦赫寧恩大學（Wageningen University & Research）研究人員 Eef Arnolds，早於 1980 年代已比較該國實地考察時發現的菌根菌（Mycorrhizal Fungi）子實體（fruiting body）紀錄。1912 至 1954 年間，每次考察看到的平均物種數量為 71 種，到 80 年代中期數字已下降到 38 種。Averill 指，過去一個世紀整個歐洲外生菌根真菌（Ectomycorrhizal fungi）物種多樣性下降了 45%。
數量減少之外，另一個大問題是同質化，在這種情況下，常見真菌更多主導土壤生態系統，而稀有真菌則逐漸減少並消失。Averill 說：「隨著使用更多 DNA 測序技術，我們看到這種強烈的同質化。突然間，相同的生物大量出現，能使這些棲息地在微生物學上截然不同的稀有生物，卻開始從物種庫中消失。」
最重要的是，多項研究顯示，微生物與其他動植物一樣受棲息地喪失、入侵物種、污染及野火威脅。英國卡迪夫大學真菌學家 Lynne Boddy 直言：「如果所有哺乳動物都被消滅，對大多數生態系統的功能不會有太大影響，但細菌、古菌及真菌完全不同，如果我們失去了整個群體，那將會是災難，因為生態系統的功能取決於它們。」
拯救微生物
缺乏知識，是評估地球微生物群狀態的主要障礙。在大約 600 萬種陸生真菌中，科學家只充分掌握 14 萬種的特徵。Boddy 解釋：「一些微生物，可以肯定是真菌，一直在消亡。我們甚至可能還未發現它們。」
為阻止情況繼續惡化，科學家第一步是繪製地圖，並保存剩下的東西。Averill 說：「通過結合來自世界各地基於 DNA 的微生物調查，我們開始了解微生物多樣性最高、最完整，以及退化最嚴重的地方。以此作為基礎，繼續監測及確定需要優先保育的地方。」多個倡導組織已開始記錄土壤微生物組，而保護微生物計劃 Earth Microbiome Project、GlobalFungi 及 SPUN 正在彙編數據。
第二步是恢復微生物組。Averill 說：「我們正在見證全球恢復和重新造林運動，嘗試恢復自然生態系統，但當我們去種一棵樹時，卻鮮有考慮與種植相關的微生物組。因此，我們將與更多團體合作，開始實際移動微生物，重新活化微生物群，作為重新造林項目的一部分。」Averill 更與同事成立公益公司 Funga，目的是提高林業項目的生產力，並通過恢復地下微生物群來幫助應對氣候變化。
