這次席捲全球的 H5 亞型毒株屬高致病性禽流感（HPAI），嚴重程度前所未有，影響除了最明顯的雞蛋供應減少、價格上升，病毒亦已愈常在野生鳥類甚至其他物種上出現，包括與人類切身相關的哺乳動物。由於目前仍以鳥類最受威脅，有科學家開始擔心，遠在南極的企鵝一旦受禽流感侵襲，將造成可怕打擊。
去年 10 月，西班牙加利西亞（Galicia）一個飼有 5.2 萬隻水貂的農殖場爆發禽流感；南美洲秘魯的國家公園管理機構 Sernanp，至今已在沿海 7 個保護區錄得共 3,487 頭海獅因病毒死亡，佔當地南美海獅（Otaria flavescens）總數的 3.29%。美國疾病管制與預防中心（CDC）對近期不同哺乳動物的感染報告並不意外，有鑑於全世界野生鳥類都廣泛感染 H5N1 病毒，其他食肉或食腐哺乳動物亦有可能受感染。目前關注 H5N1 的焦點，仍在其對禽鳥造成的威脅。
紐西蘭懷卡托大學微生物生態學家 Craig Cary 教授，就擔心南極的企鵝。他指，禽流感自 2004 年以來一直困擾北半球，現正向南轉移。企鵝的感染風險可能來自其他候鳥，主要問題在水禽（water fowl）身上，特別是在岸邊涉水生活的濱鳥（shoreline birds），以及長距離遷徙的鳥類，例如會在北半球停留一段時間，然後飛到南半球以至南極洲的賊鷗、海燕和燕鷗。Cary 指：「最近的觀察模型，以及禽流感向南方遷移的現象表明，病毒有可能穿過南大洋進入南極洲，或會為那裡的企鵝群體帶來毀滅級破壞。」
去年 7 月，Cary 參閱南極研究工作組科學委員會（SCAR）一份報告後，已意識到相關問題。該報告的結論是，禽流感可能在 2022 至 2023 年的季度間抵達南極。Cary 已提醒紐西蘭和南極地方組織加以重視，例如紐西蘭以南羅斯海（Ross Sea）一帶便有重要的企鵝棲息地。去年 11 月 Cary 更親自前往南極，在規模最大的阿德利企鵝棲息地留駐 10 天，初步調查禽流感是否已經到來。他向紐西蘭國家廣播電台（RNZ）表示：「現在禽流感已轉移到智利，我們知道它也在澳洲、南非。我認為它無可避免會到南極去。」
禽流感已影響南非的黑腳企鵝群體。目前為止，南極洲的阿德利企鵝或巴布亞企鵝尚未有相關確診病例，不過 Cary 認為黑腳企鵝的情況，也有可能在其他企鵝身上發生。例如阿德利企鵝會在自己巢穴附近排泄，進食時又會踏到其他同類的糞便，加上「這些棲息地的企鵝們會緊挨在一起，非常可能傳播疾病」。Cary 甚至預計：「牠們當中大多數都會死亡。一切取決於病毒如何傳播，以及何時傳播。」如果候鳥現時離開南極，病毒的影響就會減弱，但如果自北而來的候鳥在企鵝孵化幼雛時到達，那將會是企鵝們最密集、最脆弱的時刻。他警告，各國政府需齊心協力，否則可能會在一兩個季度內，失去整個企鵝群。
