朱古力由可可豆製成。理想的可可豆產地分佈在赤道以北或以南 20 緯度內，例如西非的象牙海岸、加納，東南亞的印尼、南美洲哥倫比亞等，有如葡萄紅酒或咖啡的原料，不同地區的地形、氣候和土壤，都會形塑出截然不同的風味。但可可豆的傳統發酵方式難以控制質素；科學家及朱古力製造商正嘗試從發酵入手，捕捉其風味，製作更好味的朱古力。
可可豆製成朱古力前需經發酵。英國廣播公司（BBC）報道，可可豆通常會在種植的農場發酵。農民從豆莢中取得可可豆後，用香蕉或芭蕉葉覆蓋並放置在太陽下，期間，環境中的微生物會分解果肉，隨後再把可可豆攤開曬乾。不過，蘇黎世應用科技大學（ZHAW）食品化學研究團隊負責人 Irene Chetschik 教授認為，這種發酵方式有它的缺點：「未必每次發酵都能臻至完善，會出現很多質量差異。」發酵不足的可可豆幾乎無味，發酵過度的話又會產生酸味。
要嚐到不同產地朱古力的獨特風味，第一步應是穩定可可豆發酵過程。Chetschik 及其團隊正開發全新技術，期望每次發酵都能得出一致質素，團隊至今的研究成果是濕孵（moist incubation），可可豆會先經乾燥處理，後加入含有乙醇的乳酸溶液，加熱 72 小時重新乾燥。Chetschik 表示如此發酵的可可豆能變得更甜、厚潤、果味強烈。「現在人們會知道可可豆的來源地、農場、品種，更瞭解這種產品、會嚐到風味更多樣的朱古力。」團隊博士生 Johannes Ansgar Schlüter 補充，傳統發酵過程中，會出現不良的氣味成分，而濕孵技術能控制可可豆形成關鍵風味。
同樣追尋味道更好、更具風味朱古力的，還有來自諾定咸的手工朱古力製造商 Luisa Vicinanza-Bedi。報道指，大眾常吃的朱古力，多由諸多不同農場、地區甚至國家的可可豆混合製成。Vicinanza-Bedi 認為，採用單一農場產出的單一可可豆，更能令朱古力呈現獨特風味。為此，她的品牌 Luisa’s Vegan Chocolates 就與諾定咸大學及來自哥倫比亞烏伊拉（Huila）的可可豆農民 Carmen Magali Eraso Adarme 合作，旨在令種植園的可可豆中風味更好，交易價格更理想。Vicinanza-Bedi 透露：「我們直接與農民交易，且會在切割、重量測試、水分分析、香氣測試及試驗生產上，檢查豆的質素。」
諾定咸大學國際研究員 David Goupaulchan 博士，一直研究發酵過程中的微生物及環境，如何影響可可豆變化及形成風味。他強調：「發酵過程深深影響可可豆品質和口味，但這過程不受控制，導致農場之間產品質素的差異非常大。更了解這一過程，將為消費者帶來更好味的朱古力，也為農民帶來更好的收購價格。」Vicinanza-Bedi、研究人員與農民會使用一款手攜式 DNA 檢測設備，分析有甚麼微生物影響 Adarme 生產的可可豆發酵，從而控制發酵過程，達成改善味道之目的。Vicinanza-Bedi 期望：「我們利用 DNA 檢測，準確找出屬於可可豆的『好味道』，之後再用這些數據，教導農民怎樣做才能盡可能令自己的產出進入高端市場。」
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