「日本沉沒」是小說家小松左京的代表作，曾經被多次改編成電影、電視劇、動畫。故事講述因為地球板塊移動，日本列島被拉到海底下，日本人在滅國危機之下紛紛出逃，而財軍政界人士在疏散平民的同時，也嘗試在外重新建立日本政權。「日本沉沒」是 1973 年出版的小說，但有關的故事構思早就成形，甚至早及小松左京的求學時期。
小松左京受手塚治虫作品「新寶島」極大的影響，而事實上，在他成為小說家之前，曾經是一名漫畫家。在 1948 年，當他還是高中生之際，就已經以「赤本」的方式出版過漫畫。根據小松左京的自傳，他在高中時期非常缺錢，曾經畫漫畫後拿到出版社兜售，以數千日元的價格賣出。以當時新入職公務員月薪不過四、五千日元來看，漫畫稿費並不算低。小松說他直到大學時期也持續以這種方式賺取生活費，最初幾本更以真名「小松實」發表。
回頭尋找那本漫畫並不容易，「赤本」是日本戰後的廉價流行出版物，性質是看完即棄，許多連作者名字都不會標示，時至今日許多都已經佚失。然而，日本失傳的書本卻在海的對岸找到，美國馬里蘭大學的「Gordon W. Prange Collection」就保存了許多戰後的出版物。
當時二戰剛剛結束，日本仍處於盟軍佔領狀態，為了防止日本帝國思想復甦，便設立了出版檢閱機關。Prange 是當時日本佔領軍的參謀，更是檢閱機關的負責人之一。在檢閱隊解散後，Prange 將 1945 年至 1949 年送檢的刊物都送到美國馬里蘭大學，經整理後開放予學術研究使用，並命名為「Gordon W. Prange Collection」。由於佔領軍嚴格的審查制度，所有民間出版物都必須經過軍機關檢閱，所以資料庫基本上包括了所有 1945 年至 1949 年日本出版的刊物。
在 2014 年，有人終於在有關的資料庫中發現那本高中生小松左京所畫的漫畫 ——「怪人骷髏博士」（怪人スケレトン博士）。有關故事已經出現了一名科學家，警告日本列島將會沉沒，但最大的分別是：那名科學家就是日本沉沒的始作俑者。故事的核心也不是講述日本人出逃，而是主角偵探如何制止那名瘋狂科學家的陰謀。
至於瘋狂科學家為何要毀滅日本，「怪人骷髏博士」的故事並沒有解釋。而之後於其大學時期出版的另一本漫畫「大地底海」中，再次出現了要沉沒日本的瘋狂科學家，但這次小松寫上了理由：因為戰後日本與戰時一樣的醜惡，是醜陋的社會生出醜陋的邪惡。這個動機直接扣連了廿多年後出版的「日本沉沒」，只不過戰後社會換成了高度經濟成長期的日本。
