自從 2001 年美國發生 9．11 事件，愈來愈多社會科學家研究恐怖主義，其中有學者就發展出「國家恐怖主義」（state terrorism）的概念，指出政府有時候才是恐怖根源，不惜以法外行徑達到政治目的。
根據牛津大學出版社的定義，恐怖主義是有計劃地用暴力或者威嚇方式來散播恐懼，並企圖脅迫政府或社會，達到特定的政治、宗教或意識形態目的。聯合國列舉了一些具體的恐怖主義行為：
- 導致針對人的嚴重暴力；
- 導致對財產的嚴重損害；
- 危害作出該行動的人以外的人的生命；
- 對公眾人士或部分公眾人士的健康或安全造成嚴重危險；
- 嚴重干擾或嚴重擾亂電子系統的；或
- 嚴重干擾或嚴重擾亂基要服務、設施或系統（不論是公共或私人的）。
過去，很多學者研究恐怖主義時，只會分析非政府機關所發動的襲擊，例如阿爾蓋達、博科聖地等極端組織，政治學家會指出政府擁有合法使用武力的權力，故此與一般恐怖分子不同。但錫菲大學政治學系系主任 Ruth Blakeley 認為，過去學者和國際組織定義恐怖主義時，都聚焦於恐襲行為的性質，而非施襲者身份，那麼當政府的行動合乎恐怖主義的特徵時，就應該納入討論範圍。她續指，國家恐怖主義的概念，有助我們反思政府行使武力時的合法性。
麻省大學波士頓分校政治學副教授 Joseph Brown 亦提出，當國家暴力旨在散播恐懼，以影響某些社群的行為，便屬國家恐怖主義。他舉出國家恐怖主義的三個研究方向：第一個是由國家贊助、非政府機構所執行的恐怖主義活動，例如美國就有「支持恐怖主義國家」名單，現時清單上有古巴、北韓、伊朗和敍利亞。第二個方向是研究政府機關的法外行為，例如冷戰時期，南美各軍政府繞過正規法律途徑，秘密綁架、虐待和謀殺大量異見人士。
上述兩種政府與恐怖主義的關係比較容易理解。而最後、爭議亦最大的，是一種「內在」（inherent）的國家恐怖主義，政府透過日常執法來散播恐懼，例如情報和安全機關會以法律之名，囚禁和審問平民、搜查民舍。Blakeley 亦提到，這種國家恐怖主義很難被察覺出來，政府的行動細節很多時都會保密，而且會將之包裝為「警察行動」和「必要措施」。學者亦很難判斷政府行動的目的，要倚靠很多背景證據來作出推論。
Brown 指出，國家恐怖主義可以提供一個有用的框架，以分析政府行為，暴力和恐嚇可以成為操控平民的工具。Blakeley 則認為，國家恐怖主義的概念，可以幫助區分出與一般鎮壓不同的政治行動，讓學界和大眾更清楚理解政權運作背後的邏輯。
