隨著輝瑞（Pfizer）、莫德納（Moderna）、阿斯利康（AstraZeneca）等武漢肺炎疫苗相繼推出，多國亦馬上採購。日本政府便已訂購以上三款疫苗共 2.9 億劑，足夠全國 1.26 億人口注射。政府希望於明年中讓所有國民完成接種，為延期至來年 7 月的奧運會做好防疫措施，本月國會就通過「預防接種法」修正案，免費向民眾提供武肺疫苗，更承諾如出現嚴重副作用，將承擔醫療費及傷殘津貼、代疫苗供應商提供賠償。但社會中對疫苗由來已久的不信任態度，為達成接種目標增添難度。
英國醫學雜誌「刺針」9 月刊登研究，指日本人、法國及蒙古人，是對疫苗最缺乏信心的國家，只有不足 1 成受訪者強烈認同疫苗安全。陰謀論流行影響了部分人對疫苗的信任程度，不過，據「華盛頓郵報」報道指，日本民眾質疑武漢肺炎疫苗，與陰謀論無關，而是經昔日疫苗事故形成的謹慎態度。第二次世界大戰後，美國軍事佔領日本，美軍為遏止各種流行病在其時貧困、營養不良的群體中傳播，決定強制當地民眾接種疫苗，並派士兵拘捕不遵守接種規定的人。儘管整體而言，戰後日本廣泛接種疫苗，確實挽救大量生命，但在 1948 年亦曾因白喉疫苗生產過程出錯，導致 99 名兒童住院，當中 68 人死亡，另有 507 人嚴重受影響。
1993 年，日本國民接種麻疹腮腺炎德國麻疹混合疫苗（MMR）後，細菌性腦膜炎相關的發病率高企。厚生勞動省既要面對巨額賠償金，政府對疫苗的信心亦見動搖，同年取消該混合疫苗接種項目，並於 1994 年修改「預防接種法」，不再強制所有兒童定期接種疫苗，僅「強烈建議」個人接種，讓國民可自由選擇。今年疫情初期曾登上「鑽石公主」號郵輪的日本傳染病學家岩田健太郎教授受訪時認為：「自那時以來，厚生勞動省便對應否推廣疫苗顯得猶豫，不知如何向人們介紹接種疫苗帶來的益處。」
雖然日本兒童疫苗接種覆蓋率仍處於高位，但其他疫苗的接種情況未如理想。例如 2013 年 6 月，由於接種子宮頸癌疫苗後出現的副作用，包括肌肉痛、睡眠障礙及對光及聲音敏感，日本撤回 4 月時為青春期女性免費提供子宮頸癌疫苗的計劃及接種建議。今年 4 月一份研究指出，日本子宮頸癌疫苗接種率已從 2013 年的 7 成跌至當下不足 1%，估計導致 1994 至 2007 年間出生且未接種該疫苗的女性，在原本可預防的情況下，出現 5,000 至 5,700 宗子宮頸癌相關的死亡個案。
回到今年，全球市場研究公司 Ipsos 於 10 月曾作調查，發現有 69% 的日本人「同意」或「部分同意」，自己會在可獲取武肺疫苗的情況下注射。然而報道同時參考本月另一份由日本本地市場研究公司所作的調查，認為日本民眾對是次疫苗謹慎大於熱情，一千名受訪者中，近 27% 受訪者表示他們不想接種武肺疫苗，只有不足 11% 受訪者希望馬上獲取疫苗，其餘近 63% 受訪者表示雖然最終還是會接種，但不希望立即接種。
19 歲學生川上理菜（Rina Kawakami，音譯）接受「華盛頓郵報」訪問時稱：「感覺有點駭人。疫苗相關資訊仍然不足，加上它們均由外國生產。我會先等其他人都接種後再作打算。」報道解釋，日本社會普遍擔心種族不同會影響藥物及疫苗療效，故認為兩者必須先在國內進行測試。2003 年，日本當局批准使用風濕性關節炎藥物來氟米特（Leflunomide），但未有在本土進行後期試驗；其後有 22 人患上間質性肺病，9 人死亡。西方國家並未發現類似問題。大阪大學免疫學名譽教授宮坂昌之指：「及後發現，這藥物的劑量，對日本人來說有點過高。」
不少日本民眾出於謹慎，或希望再觀望情況再決定，但來年 3 月才展開的接種計劃，時間距離奧運似乎有點緊迫。現年 32 歲的日本長跑奧運選手新谷仁美便表示，有信心能做好防疫措施，但擔心疫苗的副作用，不想在奧運前接種。岩田認為，日本要在期限前達成全民接種的目標有困難，一方面要盡快為更多人注射，另一方面卻需要更多時間，說服人們這些疫苗安全有效。
