過去，英國只將華人視為殖民地的人力、經濟及專業知識資本，不希望他們在政治範疇有所表現。1930 年，海峽殖民地政府通過法令，宣佈國民黨在當地為非法組織。抗議該法令的民國政府，則保證國民黨沒有興趣干涉馬來亞與英國事務。美國拉洛奇大學社會學教授 Azlan Tajuddin 認為，散居馬來亞的華人，對國民黨專注本土、忽略他們的做法愈益不滿。因為身在外地的他們，希望推動的政治議程，乃著重於馬來亞華人本身，而非中國本土。
國民黨在馬來亞，同樣面對馬來亞共產黨（MCP）的競爭。1937 年爆發第二次中日戰爭，國共暫時合作；馬共領袖亦加強與馬來亞國民黨員接觸。Tajuddin 認為，馬共以在馬來亞建立中國衛星國的終極目標，令馬來亞國民黨員開始欣賞前者的共產主義事業，因為這意味他們長遠會趨向集中於馬來亞發展。馬共是中國共產黨在當地的分支機構，亦在 1930 年的非法組織之列，許多馬共成員便進入馬來亞及新加坡的華人組織活動。此外，馬共又成功動員各種與華工福利有關的運動、滲透華文學校，不斷加強反殖宣傳。
Tajuddin 指，共產黨比國民黨更能回應華人在當地社會、政治上感受到的格格不入及茫然情緒，於是馬共的反殖主張，得到大量海外華人支持。殖民時期的華人移民認為，馬來人在當時只是被征服、淪落的身份，故與早期的峇峇不同，他們不認為有必要融入馬來文化。儘管有人在經濟上取得成功，更傾向留在馬來亞生活，但留下來意味要服從以馬來蘇丹們為最高文化象徵的制度，這令他們反感。
第二次世界大戰期間，馬共組成馬來亞人民抗日軍（MPAJA）。即使實際抗日規模不大，但他們在馬來亞捍衛社區的信念，贏得英國人及大多數中國僑民的青睞。戰後，馬共即取得合法政治地位為獎勵，加上國民黨在馬來亞勢力的消退，馬共成為主導當地華人的政治組織。英國更一度授權馬來亞人民抗日軍的成員，臨時協助馬來亞戰後治安。但 Tajuddin 表示，此舉帶來災難後果 —— 馬共向戰時涉嫌與日本人合作的人士發起報復，其中包括很多住在偏遠叢林的馬來村民。他認為往後數年，馬來人一直記恨馬共在戰後的暴行，為本已脆弱的兩族關係添上傷痕。
1946 年，英國推動成立馬來亞聯邦（Malayan Union），為當地獨立作出準備。其中，英國提出馬來亞聯邦公民身份，讓所有人不分種族，皆享有平等的權利引發爭議。對數百萬華裔及印裔人士幾乎無條件的開放入籍，會令當下的馬來人人口比例變得愈來愈低。而聯邦的共和構想，亦衝擊馬來蘇丹們身為邦國元首擁有的權力。馬來精英階層擔心自己的政治主導地位可能受損，遂與馬來民族統一機構（巫統，UMNO）及其他馬來民族運動聯合起來。巫統以政黨身份，威脅英國廢除其馬來亞聯邦構想。
1948 年，英國不想冒失去馬來亞政治經濟長遠利益的風險，決定終止馬來亞聯邦，並根據「馬來亞聯合邦協定」（Federation of Malaya Agreement），於同年 1 月成立馬來亞聯合邦。巫統並要求回復馬來蘇丹們的政治地位、撤銷前聯邦下的公民法律，提倡「馬來人的馬來亞」（Malaya for Malays）。Tajuddin 認為，馬來亞聯合邦成立前的華人，政治上多認同馬共，立場過於保守，未能跟即將獨立的馬來亞政府在談判桌上謀取更大利益。
6 月，馬共創立的馬來亞民族解放軍（MNLA）開始襲擊橡膠園、礦場、警局，並策劃火車出軌、燒毀工人房屋，聯合邦進入緊急狀態。以叢林為基地的馬共武裝分子，取得貧困的華人支持，稱行動為「反英民族解放戰爭」。Tajuddin 指，陳平帶領的武裝行動具種族本質，儘管馬共成員人數已減少，但當地華人的政治身份認同並未真正脫離馬共。對馬來人而言，華人通過共產主義表達其民族意識，反映他們對馬來亞的不忠誠。如此一來，華人在他們心中，已超過「逾期」居留的身份，更需要進一步縮減其權利，或將之全部驅逐。
中共在 1949 年贏得中國政權，使不少期待祖國統一已久的人嘗試返回中國。不過，馬來亞仍有許多華裔窮人選擇留下，希望通過馬共取得理想結果。直至 1951 年，政府有力的平亂行動，嚴重打擊馬共及其追隨者的士氣。Tajuddin 認為，此時馬來民族主義的興起，加上英國為保日後經濟利益，採取謹慎的政策，遏止了以中國為中心的中華民族主義者，在當地建立「祖國」身份認同的工作。此後，英國意識到需要有華人盟友組織，引導低下階層的華人，擺脫過去激進的民族主義思想，由受過英國教育、華商精英組成的馬華公會（MCA）便成為支持對象。
1952 年，馬華公會便與巫統達成聯合的權力分享關係。巫統擁有巨大政治影響力，馬華則掌握金融財富，兩者和馬來亞印度國民大會黨組成的聯盟，在 1955 年贏出獨立前唯一的大選。而在起草「聯邦憲法」時，雙方協議承認馬來人在土地所有權及民政管理上享有特殊地位，合資格的華人則可獲授完整公民身份。
Tajuddin 表示，結局並非如大多數華裔所望，但在當時，接受成為「次等公民」（secondary citizenship）已是唯一的選擇。他又認為，中國僑民在當地獲得的全新政治身份，能暫時緩解由文化、歸屬感有別而產生的不安感。新政治身份要求華人接受他們不再是馬來亞華人（Chinese in Malaya），而是華裔馬來亞人（Chinese-Malayan）。至於獨立後的政治身份認同問題，是否「緩解」至今，抑或再起變化，則是後話。
