說起日本的博物館，多數人就會想起上野恩賜公園一帶，大型博物館數量眾多。尤其上野的「東京國立博物館」於 1873 年開館，「國立科學博物館」則於 1877 年。經歷明治、大正、昭和與平成，已經接近一個半世紀歷史。然而在漫長的時間中，不是每個計劃都能夠付諸實行。有為數不少的展覽會與博物館，因資金、政治或戰爭等外在的原因，最終被淹沒在歷史的黃土中，又或者以另一副面孔重回人間。
日本戰時曾經試圖興建一所「大東亞博物館」，顧名思義是「大東亞共榮圈」意識形態下的產物。要比喻的話就是英國的「大英博物館」，一個展示殖民地物產的空間，但決定性分別是計劃中的「大東亞博物館」由科研與教育主導。1942 年「博物館研究」期刊中，刊登了一篇名為「大東亞博物館建設調查委員會」的文章，介紹由日本博物館協會發起的計劃。該博物館的設立是基於東亞戰爭的藍圖，目的主要是展覽東亞各國的文化歷史，凸顯日本民族的優秀性，繼而教導一般國民對東亞地區的知識，培訓發掘人才，派遣往當地獲取資源。
簡單說，計劃裡的「大東亞博物館」就是教育機構、人才培訓與研究中心的合體，是為了在東亞殖民地獲取資源的研究機關，亦是展示戰時日本「大東亞共榮圈」思想的空間。據當時資料顯示，首兩年的經費已涉及 2 千萬日元、逾 1.4 萬平方米的建築土地，除了文部省與大東亞省的主導外，還需要各政府與民間團體的協助。
在研究與獲取殖民地資源的目的下，另外還有一個組織與「大東亞博物館」重疊，就是位於新宿區百人町的「國立資源研究所」。這研究所於 1941 年 12 月 8 日創立，比博物館計劃還要早一年。事實上，說研究所是「大東亞博物館」的協同組織，不要如說博物館計劃才是研究所的延伸。「國立資源科學研究所」源於 1930 年代建立「自然博物館」的構想，後來戰爭爆發，國家總動員令下，研究所目標轉向「研究」的部分，這亦是太平洋戰爭中的根本戰略目的。
1945 年太平洋戰爭結束，日本戰敗，被美國軍隊佔領，「大東亞博物館」胎死腹中。當時駐日盟軍總司令（GHQ）命令下，所有太平洋戰爭時期建立的日本國內組織都必須解散。戰爭開始之日是 1941 年 12 月 8 日，正好是「國立資源科學研究所」的始創日。作為國立組織的研究所被強制廢止，變成資源科學學會連盟的附屬研究所，靠文部省資助金維持運作。及後，於 1961 年獨立成「財團法人資源科學研究所」。
在 1970 年 9 月，研究所重新國有化，被劃入「國立科學博物館」組織裡頭，易名「自然史科學中心」，補充博物館機能。象徵侵略與殖民的「大東亞博物館」始終沒有實現，並在以教育為使命的「國立科學博物館」裡、作為轄下組織結束其歷史。
