問菌之為何物，現代人會怎樣回答呢？或許有人立刻想起消毒劑的廣告，以為非要置之於死地不可。據說「菌」字是從「囷」字而來，在「囷」字加個草花頭，就是「菌」了。「囷」的意思是巨大的穀倉，字的外框是倉庫，框裡面有「禾」。這個倉庫通常為圓形，估計頂部是圓錐狀，而不是平的。
至於「菌」本來的意思，就是「蕈」之類，蕈是地菌，而長在朽木上的菌類，則為木耳一類。另有少數菌類以「芝」作稱，因「芝」有一解作香草或香菌，最廣為人知的「芝菌」，就是靈芝。在眾菌類之中，蕈最常見，有錐狀圓頂，圓頂下的支柱圓而粗，就如細小的「囷」，「菌」與「囷」之間的關係，就在於蕈貌看似倉廩的外貌。
「蕈」與「菰（菇）」兩個字也指地菌，但兩個字的意涵，則有微妙不同。某些「蕈、菰」地菌，無毒而味美，故在宋朝時，坊間已有人寫菌書記載各類蕈的味道與外貌，又記載何種菌有毒不可吃，何種菌作藥之類。清代著名文學家李漁撰「閒情偶寄」一書時，也曾讚過蕈之美味，說食蕈就好像「吸山川草木之氣」，蕈毫無渣滓，氣韻清純，仿佛是神仙食物。有些菇類香味厚而清，有些菇則含劇毒，要分辨何者有毒，何者無毒，有時真的要「搵命搏」，菇或因此而顯得清貴。香港人常見的冬菇，日本松茸與歐洲的松露也甚為出名，這些菌類中的上品貨，往往價值連城。
古代人以色味與生態分類草木與菌類，菌是菌，草是草，木是木。但舊時歐洲人則以亞里士多德的分類法，將自然萬物分為人、動物、植物三類，而菌類則為植物的一種。三者的分別，在於其內在的生理智慧（soul）不同。
自啟蒙時代始，生物學家解剖各類生物，探索各種生物內在結構的異同，以此分類生物。古代華人所說的菌，現代生物學者則列為真菌界（Fungi）的生物。生物學家多數將生物分成 6 至 7 界（kingdom），真菌界與動物界（Animalia）、植物界（Plantae）、細菌界（Bacteria）並列。
「真菌」實在譯得妙，因為此界內的生物，真的就是本來的菌類。而細菌則是新詞，取「菌」字微小而隱蔽之意。細菌與真菌雖都有「菌」字，但兩者的生態不同。 真菌與植物有甚麼分別，以使學者自西元 1969 年起，不再跟從亞里士多德的分類法，而將兩者分成兩界呢？最明顯的分別，在於植物多能以光合作用製成養分維生，真菌則如動物一樣要「搵食」。多數真菌就在其食物之中生長，例如木耳在腐木上生長食腐木，亦有品種毒醉小蟲為食。有些品種則在其他生物體內生長，長大後或殺死寄生的生物，或令寄生的身體生病，或與寄生的生物互利共生（mutualism），或只是共生而已。另一種差異，則在於兩者細胞壁的化學成分不同。
平常人常見的菇類，只是菇類真菌的繁殖器官而已，並非所有真菌的繁殖器官也如此，真菌身體多數是由菌絲（hyphae）組成（酵母是例外），菌絲比頭髮幼得多，是消化食物與吸收養分的器官。故此，霉漬驟眼看來好像是塵，一抹就散成灰，但那些「塵」實是無數菌絲交織成巨網，抹去霉漬時，往往只能除去表面那層菌絲，藏在深處的菌絲，則抹不掉。
菌類自古以來就與人共處，但真菌的生態與習性如何，人類自 20 世紀之後，才有深入的理解。以前沒有人知道發酵之理為何，只將能發酵之物稱為酵母，即發酵之母。只要有這些「母」就能發酵，過程如何，不知但無所謂。英文「yeast」的意義亦相似，這個字本身就是發酵之意。而今現代人能以顯微鏡看到發酵之母的真面目，始知道這也是真菌的一類，但這種真菌天生沒有菌絲。冬蟲夏草原來不是草，是某種真菌在蟲內長大，最後將蟲化為自己的食物與無數菌絲。至於植物及細菌與真菌之間的生態關係，則有重重利與害夾雜，學者至今也只能略知皮毛。本以為盤尼西林真菌（Penicillin）的毒素殺細菌而不殺人，故用以製藥，而今方知道兩者勝負未分，細菌經過現代人的醫藥磨練後，竟也練出解毒的奇招，即坊間謂「抗藥性（antibiotic resistance）」。學者未知此事前，此種能殺細菌而不殺人的真菌，只是爛橙上的霉斑而已。
