使用指紋辨識身分，不是近代才有的事。在古巴比倫文明及中國等國，早已有使用指印來進行商業交易及文書記錄。不過，近代真正具系統的指紋研究，要在 1888 年 6 月 21 日才真正發表。
中國元朝姚燧「牧庵集」中記載：「公以凡今鬻人皆畫男女左右食指横理於卷為信，以其疏密判人短長壯少……」該段內容記載浙西官吏潘澤在查案時，發現一宗冤案：有一富豪將一家 17 人作為家奴，數十年來經過多次審理皆未得直，但潘澤發現指紋的紋線疏密與他們的年齡不符，結論是該富豪以少年指紋來冒充成年人指印作偽證，推翻這宗冤案。此外，「點指畫字」在明小說「水滸傳」、「警世通言」也有出現，在刑事供詞中，指紋會用作結案招狀的憑證。
在 1880 年，於日本工作的蘇格蘭醫生 Henry Faulds，在古黏土文物上的指紋中發現，人人都有不同的指紋，他甚至認為能藉此區分人種。Faulds 把這大發現寫在信件中，寄給達爾文，但當時年老的達爾文已不復當年精力活潑，遂把信件轉寄給同樣享負盛名的科學家、他的表弟 Francis Galton。
可是，等不及 Galton 回應，Faulds 先把發現寫成論文，投稿到「自然」期刊，提出指紋或可協助犯罪認證。隨即引起天文學家 John Herschel 的兒子、英國殖民地官員 William Herschel 注意，William Herschel 去信期刊反駁稱，他在派駐印度工作時，已經有使用指紋的經驗，包括在市民立約及囚犯入獄的時候，因此 Faulds 絕非第一人發現指紋的用途。誰先誰後的爭論，持續了 50 年之久。
Francis Galton 本身也醉心於研究優生學，一直收集不同人的特徵和數據，以研究各特徵是如何遺傳到下一代，包括收集指紋的資料。可是，他於 1888 年 6 月 21 日，即是在收到 Henry Faulds 的來信 8 年後，才發表首篇針對指紋研究的文章，亦是真正具系統科學分析指紋研究。他把指紋紋路分成 3 大類：弧形（Arch）、箕形（Loop）、斗形（Whorl ），每項類別各有特徵（ 指紋紋型的分類最早出現在 1823 年，德國 Breslau 大學教授 Johannes E. Purkinje 並將指紋分為 9 種類型，但並未提出指紋可作鑑定用途，其後各國採用的系統不盡相同，而 FBI 則採用 8 大類型分類）。1892 年他出版了名為「指紋」的專書，闡釋在指紋圖案的系統分析。Galton 又計算出，世上兩人擁有相同指紋的機率只有 640 億之 1，數學上算得上獨一無二。
基於 Galton 的分析法，阿根廷警官 Juan Vucetich 成立了專門負責指紋偵查的部門，並發展自己一套指紋鑑證科學。於 1982 年的一宗命案中，兩名男童遭謀殺，該調查部門因發現現場留下的血指紋與死者母親的指紋相同，最終讓涉案母親招認了案情。這可算是西方鑑證學首宗利用指紋分析破案的案例。在 1901 年與 1903 年，英國蘇格蘭場及紐約警察局分別成立了指紋鑑證部門，利用指紋協助調查和破案，指紋於日後更成為兇案搜證的重要一環。
在法證學成立以前，警方調查案件往往甚少在現場搜證，現場環境和證據有時亦被警方和圍觀者破壞了，調查的主要方向還是尋找目擊證人及讓嫌疑犯招供。指紋鑑證是在法證醫學真正成熟以前，嘗試在現場環境的滄海中，打撈關鍵的遺珠。
