生物燃料等同潔淨和環保？未必。部分生物能源的燃料其實是來自砍伐樹林得來的樹木。保育組織 Birdlife 發表針對生物能源的生態報告，揭發在生態保護區有伐林活動，例如在斯洛伐克東部的 Poloniny 國家公園、意大利北部 Emilia-Romagna 沿河森林。報告指，斯洛伐克自 2007 年起以木材作再可生燃料的數量增加了 72%，部分原因竟是為了達成歐洲的可再生能源目標。
生物能源佔可再生能源的比率比大家想像中的要高，歐洲 2014 年便有約 63% 的可再生能源是來自生物能源，而非大家熟知的風力和太陽能。生物燃料本應是以殘餘物來作燃料，例如像動物排泄物、森林木碎、木廠的木廢品等。而從鋸木及其他木製品的鋸末可製成木顆粒，因其含水量低，故具非常高的燃燒效率，是良好的生物燃料，其需求亦節節上升，歐盟國家 2015 年木顆粒的消耗量比 2014 年就增加了 7.8%，達 2,000 萬公頓。
目前歐洲生物能源廠卻不必證明他們的木材是可再生來源，以致存在濫用木材漏洞。衛報引述歐盟消息，因工業規模的生物能源發電廠對燃料需求甚大，是森林消失的重要原因。透露者又稱：「一個森林的系統有 30% 的生物物質是殘餘物，收集它們來發電便沒有問題，但如果需求超出那能力的話，便只能砍伐更多森林。」
歐洲的「潔淨」和「再生」，部分是由俄羅斯的森林買單。在俄羅斯西北面的 Vyborg 有一個大型木顆粒廠，每年生產逾 80 萬公噸木顆粒，原料來自聖彼得堡和普斯科夫州砍伐的樹木。其木製品會賣給歐洲多國的能源公司，包括德國萊茵集團、瑞典 Vattenfall、芬蘭 Fortum 及丹麥東能源，以滿足北歐多國與意大利等歐洲國家的需求。
碳匯（carbon sink）即儲存碳化合物的天然或人工倉庫，歐洲大陸的碳匯在 2020 至 2030 間將減少 1 億噸，為生物能源而伐林是幫兇之一。砍伐樹林令儲存在林木中的碳重回大氣，加劇暖化，即使之後再種下新樹，也至少要 50 年或以上才能完全補償之前倒下的樹，但地球屆時或已經過了「臨界點」，暖化早已開始不斷加速，再植林造林也於事無補。
此外，棕櫚油常用作生產生油柴油，生油柴油便佔了歐洲棕櫚油用量 45% 之多。哥倫比亞為種植棕櫚樹以提煉棕櫚油，棕櫚樹的種植面積在 10 年間倍增至 50 萬公頃。前歐洲生物能源組織專家、是次報告的其一作者 Jori Sihvonen 表示，大家很容易直覺認為生物能源等於可持續能源，但屢屢可見，部分生物能源是有害環境和社會，例如是使用佔地廣大的生物燃料及燃燒樹木。
因此，歐盟假若要做到真環保，歐洲委員會或需聽取 Sihvonen 的建議，在 2030 年前應逐步淘汰以土地為基礎的生物燃料，更努力推廣太陽能、風能、地熱能和潮汐能等潔淨能源。可再生能源不必然等同環保，早前水力發電已是例證，但在此不是要執一廢百，而是要因時因地制宜，發展對環境損害最小的替代能源。
